Der Kern der Altstadt liegt auf einer Insel in der Mündung des Flusses Lee. Der Legende nach soll der Heilige St. Finbarr hier zu Beginn des 7. Jh. ein Kloster gegründet haben. Mitte des 9. Jh. liessen sich die Wikinger hier nieder und gründeten einen Handelsposten. Im 12. Jh. kamen die Engländer nach Cork und im Jahre 1185 verlieh König John per Urkunde das Stadtrecht.
Während des Mittelalters war die Stadt ein wichtiger Aussenposten der Englischen Krone in einem Gebiet umgeben von feindlich gesinnten irischen Clans. Im 16. Jh. gelang es England unter Henry VIII seine Herrschaft über ganz Irland auszudehnen. Englische Siedler, welche die kleinbäuerlich organisierte irische Landbevölkerung verdrängten, versuchten die Reformation durchzusetzen. Es kam zu Religionskriegen zwischen den Clans und der irischen Landbevölkerung auf der einen Seite und den englischen Besatzungstruppen und Siedlern auf der anderen. Ein grosser Teil der katholischen Bürgerschaft von Cork stand treu zur englischen Krone, in der vergeblichen Hoffnung auf grössere Freiheiten für den katholischen Glauben. Als im Jahre 1601 spanische Truppen im nahe gelegenen Kinsale an Land gingen, um die katholische Rebellion unter Hugh O’Neill zu unterstützen, rebellierten die Einwohner von Cork kurze Zeit später, plünderten das englische Waffenarsenal und vertrieben protestantische Geistliche und Beamte aus der Stadt. Der daraufhin anmarschierenden englischen Armee konnten sie sich aber nicht widersetzen, die Anführer des Aufstandes wurden verhaftet.
Eine erneute katholische Rebellion erschütterte Irland 1641. Dabei wurden mehrere Tausend englische Siedler von den Aufständischen getötet. In dieser Zeit war Cork eine Hochburg der Protestanten und viele Siedler flüchteten dorthin. Cork blieb während der ganzen Zeit der Rebellion in englischer Hand und 1644 vertrieb der englische Kommandant Murrough O’Brien die katholischen Bewohner aus der Stadt. Im Kampf um den englischen Thron zwischen James II (aus der katholischen Familie der Stuarts), also der Jakobiner und dem Protestanten William of Orange war Cork zunächst in der Hand der jakobinischen Truppen, wurde aber 1690 von einer protestantischen Armee unter dem Duke of Marlborough erobert. Dabei wurde die Stadtmauer praktisch vollständig zerstört.
Im 18. Jh. wurde fast die gesamte mittelalterliche Bausubstanz durch Gebäude in neoklassischer georgianischer Architektur ersetzt. Der expandierende Hafen ermöglichte Handel mit Europa und Amerika und verhalf Cork zu wirtschaftlicher Blüte. So wuchs zu Beginn des 19. Jh. die Bevölkerungszahl rapide an auf 80'000 Einwohner. Viele Zuwanderer waren arme Bauern vom Land, die vor Armut und periodisch auftretenden Hungersnöten flohen. Dieser Zustrom war für die Stadt nicht zu bewältigen und viele Zuwanderer lebten in katastrophalen Verhältnissen. Zudem sorgte der Zuwachs an katholischen Zuwanderern für ein Schwinden des protestantischen Einflusses.
Cork wurde zum wichtigsten Auswanderungshafen Irlands (vor allem nach Amerika). Nach der grossen Hungersnot von 1840 verliessen ca. 3 Millionen Menschen das Land über Cork. Danach erlebte die Stadt einen grossen industriellen Aufschwung. Vor allem Brauerein, Distillerien und Schiffbaubetriebe wurden gegründet. Dies wurde noch gefördert mit der Ankunft der Eisenbahn in Cork im Jahr 1849.
Cork wurde zur Hochburg des irischen Nationalismus. Zu Beginn des 20. Jh. war Cork mehrmals Schauplatz von Konflikten zwischen irischen Nationalisten und Vertretern des britischen Staates. Am 20. März 1920 wurde der Oberbürgermeister, Thomas MacCurtain, ein glühender Nationalist, von Mitgliedern der Royal Irish Constabulary (britische Besatzungstruppen) in seinem Haus erschossen. Sein Nachfolger, Terence Mac Swiney, wurde kurz darauf verhaftet und nach London ins Gefängnis gebracht, wo er dann nach längerem Hungerstreik verstarb. Darauf lancierte die Irish Republican Army (IRA) Agriffe auf britische Besatzungstruppen. Als Vergeltung brannten dann die “Black and Tans“ (britische Hilfstruppen) das Stadtzentrum von Cork nieder. Dabei wurden über 300 Gebäude zerstört. Bis zum Waffenstillstand im Juli 1921 kam es in der Stadt immer wieder zu Kämpfen zwischen der IRA und britischen Truppen. Der überwiegende Teil der IRA akzeptierte den Dezember 1921 abgeschlossenen Anglo-Irischen Vertrag nicht. Als im Juli der Bürgerkrieg zwischen der IRA und dem neuen irischen Freistaat ausbrach, war Cork kurz die Hochburg der Vertragsgegner. Aber schon im August wurde die Stadt von den Truppen des irischen Freistaates eingenommen und die schlecht ausgerüsteten Kämpfer der IRA zerstreut.
Heute ist Cork der zweitwichtigste Wirtschaftsstandort Irlands. Butter ist nach wie vor ein Produkt, das in die ganze Welt exportiert wird. Kerrygold ist einer der grössten Hersteller der Welt. Mit Apple ist auch die IT-Industrie vor Ort, Apple ist auch der grösste Arbeitgeber der Region. Die Brauereikunst, in Irland besonders wichtig, ist in Cork mit der zweitgrössten Stout-Brauerei, Murphy’s, sehr prominent vertreten.